Может ли паспорт быть недействителен, если фото было с цветными линзами?

Очень сомнительно. Только что если кто-то начнет только под микроскопом рассматривать. А это очень редко бывает, даже при предъявлении паспорта на хорошо охраняемые объекты. Но если есть опасения, попробуйте поменять паспорт .