Как налоговая проверяет фрилансеров?

Налоговая может проверить только тех, кто зарегистрирован на Ип или ООО. А фрилансер зачастую не регистрируется.

Вот если кто-то из заказчиков фрилансера пожалуется на него в налоговую или какой-то другой "карающий" орган - вот тогда могут заинтересоваться и провести "контрольную закупку"...

Никак. Налоговая фрилансеров ловит. Для того чтобы налоговая осуществляла проверки должна быть регистрация и документооборот по определенной форме. Если этого нет - нет и проверки, сразу возбуждается уголовное дело.